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Insgesamt wird sowohl prä- als auch probiotischen Nahrungsmitteln eine große Wirkung zugeschrieben. Viele Produkte, hierbei gerade im Bereich um die Milch, werden werbend als probiotisch wirkend beschrieben. In Fachkreisen wird darum immer wiederkehrend diskutiert, ob die vielgepriesene positive Wirkung die natürliche Bakterienbesiedlung des Darms wieder ins Lot bringen kann und sich Probiotika somit insgesamt positiv auf das Immunsystem auswirken. Grundsätzlich lässt sich sagen, dass positive probiotische Eigenschaften von Nahrungsmitteln oder Probiotika zur Stabilisierung des Immunsystems sich bisher generell nicht wissenschaftlich bewiesen ließen. Was allerdings von der Wissenschaft unterstrichen wird, dass gerade bei Durchfällen die Gabe von Probiotika eine Verkürzung der Erkrankungsdauer und sich durch Probiotika auch eine Erhöhung der Verträglichkeit von Laktose erzielen lässt. Das liegt daran, dass es sich bei Probiotika um lebende Mikroorganismen handelt, die magensäureresistent in ausreichender Anzahl den Darm erreichen, um dort positive Wirkung zu erzielen.
Den Nahrungsmitteln, wie zum Beispiel Wurst, Milchprodukte oder Müsli zugesetzte Probiotika werden von der Wissenschaft dann als nicht bedenklich, sondern eher - wie oben beschrieben - positiv wirkend eingeordnet, wenn diese Probiotika nicht pathogen sind, als selbst keine toxischen Wirkstoffe freisetzen und dabei den Stoffwechsel des Darms zusätzlich noch positiv beeinflussen. Bei rund 400 Stämmen von Probiotika gilt es da für Hersteller probiotischer Nahrungsmittel eine gute Auswahl zu treffen. Drei Milchsäurebakteriensorten, nämlich Lactobazillus casei, Lactobacillus acidophilus und Bifidobacterium bifidum, gelten als sehr positive probiotisch wirkende Stämme. Hintergrund ist, dass diese Bakterien ohnehin im menschlichen Darm beheimatet sind und somit auch ohne Zusatz im Nahrungsmittel zu sein, schon ihre Wirkung tun.
Damit wissenschaftlich positiv bewertete Probiotika zur Unterstützung der Darmflora ihre optimale Wirkung tun können, müssen sie regelmäßig zugeführt werden. Der einmalige Verzehr eines angereicheten Joghurt ist also keine optimale Voraussetzung für die Behandlung einer Durchfallerkrankung.
Besonders bei kleinen Kindern konnte wissenschaftlich nachgewiesen werden, dass der regelmäßige Verzehr probiotischer Milchprodukte die Erkrankung an Infekten wie Rotviren und Clostridien mindern kann. Weiterhin wird auch eine Ernährung mit diesen Nahrungsmitteln empfohlen, wenn eine bakterielle Fehlbesiedelung des Darms aufgrund von Behandlungen mit Breitbandantibiotika reguliert werden soll. Antibiotika zerstören neben den unerwünschten Bakterien leider auch die nützlichen Darmbakterien. Hier kann nach der Behandlung mit entsprechenden Milchprodukten eine schnellere Regeneration erzielt werden.
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